蕎麥機廠的衛生如果不多加注意，就會滋生害蟲，對整個生產造成嚴重影響，所以要對其進行防治工作。

縮短儲存周期。蕎麥粉集中生產，及時發放，蕎麥粉儲存周期越短，滋生蟲子的幾率就越小。

衛生防蟲。夏季生產車間不留死角，不給蕎麥粉中蟲卵繁殖的空間。停機后，把設備和管道內多余的物料清空，雖然會造成一些清機粉，但主要銷毀了蟲子滋生的根源，從很大程度上控制了蟲害。車間和庫房要通風良好，因為蕎麥粉有呼吸作用，所以使空氣流通，儲存蕎麥粉的周圍環境，不能有異味，離墻離地以減低蕎麥粉受污染的幾率，減少蟲鼠滋生。

藥物熏蒸和惰性氣體殺蟲。藥物熏蒸和惰性氣體殺蟲。夏季集中停機，對生產設備進行專業的化學熏蒸劑進行熏蒸。此方法優點是殺死絕大部分蟲卵，缺點是熏蒸周期太長，影響市場銷售。